Уже в статьях в «Логосе» Яковенко выступает интерпретатором и пропагандистом новейшей европейской философии, в первую очередь неокантианства (статьи: О Логосе; Что такое философия: Введение в трансцендентализм; Об имманентном трансцендентализме; трансцендентном имманентизме и о дуализме вообще; Путь философского познания и др.). Яковенко постоянно выступал с критикой русской религиозной философии, полемизировал с Н.Бердяевым, В.Эрном, С.Булгаковым и др.
Умер Яковенко в Праге 16 января 1949.
Яковенко Б.В. К критике теории познания Г.Риккерта. Вопросы философии и психологии, 1908, т. 93
Яковенко Б.В. Теоретическая философия Г.Когена. Логос, 1910, кн. 1
Яковенко Б.В. О сущности прагматизма. Труды и дни, 1912, № 2
Яковенко Б.В. Философия Эд.Гуссерля. Новые идеи в философии, сб. 3. СПб, 1913
Яковенко Б.В. Учение Риккерта о сущности философии. Вопросы философии и психологии, 1913, т. 119
Яковенко Б.В. Вильгельм Виндельбанд. Вопросы философии и психологии, 1916, т. 132
Яковенко Б.В. Философия большевизма. Берлин, 1921
Яковенко Б.В. Очерки американской философии. Берлин, 1922
Яковенко Б.В. Очерки русской философии. Берлин, 1922
Яковенко Б.В. Мощь философии. Логос (Прага), 1925, кн. 1