В 1926 при поддержке А.Ф.Иоффе, П.Л.Капицы и Н.Н.Семенова Харитон был командирован в Англию, в лабораторию Резерфорда, где занимался изучением чувствительности глаза к слабым световым импульсам (сцинтилляциям) и взаимодействия гамма-излучения с веществом, а также разработкой методики регистрации альфа-частиц. Не участвуя непосредственно в работах по ядерной физике, основных для Кавендишской лаборатории, Харитон вошел в курс всех проводившихся там исследований и проявлял к ним неизменный интерес, пока после открытия деления урана в 1939 ядерная физика не стала главным делом его жизни.
В 1928 Харитон защитил диссертацию на степень доктора наук по теме «О счете сцинтилляций, производимых альфа-частицами». По возвращении на родину возобновил работу в Физико-техническом институте, занявшись систематической работой над вопросами теории взрывчатых веществ: кинетики и детонации В 1931 возглавил лабораторию взрыва в отделившемся от ФТИ Институте химической физики, ставшую всемирно известной школой физики взрыва. Среди многочисленных результатов, полученных Харитоном и его учениками, необходимо отметить самый важный: открытие фундаментального принципа, определяющего возможность детонации, «принципа Харитона», согласно которому характерное время химической реакции в детонационной волне должно быть меньше времени разлета сжатого вещества. Из этого принципа вытекало важнейшее следствие: одно и то же вещество, взятое в виде тонкого цилиндра, оказывается пассивным, но в большой массе может взорваться. Фундаментальные результаты Харитона в области теории горения и взрыва нашли широкое практическое применение. Во время Второй мировой войны ученый и его сотрудники провели серию работ по повышению эффективности различных конструкций боеприпасов и взрывчатых веществ и исследованию воздушной ударной волны.
В предвоенные годы, в 19391941, Харитон занимался исследованием цепного деления урана и совместно с Я.Б.Зельдовичем выполнил один из первых расчетов цепной ядерной реакции, ставшей фундаментом современной физики реакторов и ядерной энергетики. Эти работы надолго связали Харитона с другим выдающимся физиком-атомщиком, И.В.Курчатовым, и определили главное дело его жизни. В 1946 на юге Горьковской области был основан центр по разработке ядерных зарядов Всероссийский научно-исследовательский институт экспериментальной физики (ВНИИЭФ), известный под названием Арзамас-16; его главным конструктором, а затем научным руководителем по рекомендации Курчатова стал Ю.Б.Харитон. К работе над реализацией ядерно-оружейной программы были привлечены лучшие физики страны: Я.Б.Зельдович, А.Д.Сахаров, И.Е.Тамм, К.И.Щелкин, Г.Н.Флеров, Н.Н.Богомолов, Е.К.Завойский, М.А.Лаврентьев, Д.А.Франк-Каменецкий и другие, а также математики М.В.Келдыш, И.М.Гельфанд, А.Н.Тихонов. Здесь в обстановке строжайшей секретности велись работы по скорейшей ликвидации американской ядерной монополии, завершившиеся испытанием советских атомной (1949) и водородной (1953) бомб. В институте велись и фундаментальные научные исследования: изучение сжимаемости конденсированных сред (Я.Б.Зельдович и Л.В.Альтшулер), получение и применение сверхсильных магнитных полей (реализация идеи магнитной кумуляции энергии, предложенной А.Д.Сахаровым), использование мощных лазеров для решения проблемы термоядерного синтеза, создание ядерных реакторов и ускорителей для исследовательских целей и многие другие.
Отказавшись от личного научного творчества, Харитон до конца жизни был научным руководителем огромного коллектива, умело организовывал его работу по самым перспективным и важным в практическом отношении направлениям. Харитон отмечен многими высшими наградами страны: пятью орденами Ленина, орденом Октябрьской революции; он лауреат Ленинской и трех Государственных премий СССР. В 1974 ученый был награжден медалью им. И.В.Курчатова, в 1982 медалью им М.В.Ломоносова.
Умер Ю.Б.Харитон в Сарове 19 декабря 1996.
Семенов Н.Н., Кондратьев В.Н., Харитон Ю.Б. Электронная химия. М. Л., 1927
Харитон Ю.Б., Зельдович Я.Б. Деление и цепной распад урана. Успехи физических наук, 1940, т. 23
Юлий Борисович Харитон. Путь длиною в век. М., 1999