В историю химии Шталь вошел как автор теории флогистона (от греч. флогистос, воспламеняющийся). Сам термин встречается еще у Аристотеля, а затем у ряда врачей и химиков Средневековья, но первый набросок учения об одном из «начал» макрокосма, «горючей земле», дал предшественник Шталя Иоганн Бехер. Согласно Шталю, все горючие тела, а также металлы содержат общее начало флогистон, который теряется при обжиге металлов и горении тел. Металлы при этом превращаются в окалины, а тела в «извести». Если эти «дефлогистированные» образования прокалить с углем, богатым флогистоном, то они возвратят свой флогистон и снова станут металлами. Далее, по Шталю, флогистон выделяется при горении в воздух, откуда «воспринимается» растениями и от них переходит к животным. Здесь он участвует в процессах дыхания, брожения, гниения.
Таким образом, Шталь считал металлы сложными телами (окалина + флогистон), а окалины (оксиды в современном понимании) простыми. Разложение в современном смысле (превращение оксида в металл), с точки зрения сторонников флогистона, являлось процессом соединения, а окисление (соединение металла с кислородом) разложением. И хотя в теории флогистона все окислительно-восстановительные процессы рассматривались «наоборот», она стала первой обобщающей научной концепцией, помогавшей не только объяснить многие наблюдения, но и иногда делать открытия (например, идея флогистона использовалась Ловицем, открывшим адсорбцию углем растворенных веществ).
Теория флогистона господствовала до 1770-х, и поиски этой субстанции привели к установлению множества новых фактов и открытию новых веществ. Исходя из теоретических положений, оказалось возможным понять особенности металлургических процессов и улучшить качество выплавляемых металлов. А самое главное экспериментальные факты, полученные в период господства идей флогистона, помогли Лавуазье отождествить полученный Пристли кислород с реальным антиподом флогистона и создать кислородную теорию.
Шталь был убежденным сторонником анимизма учения о первенствующей роли души. Он придерживался теории, согласно которой душа управляет всеми отправлениями организма человека, его телом. Разнообразие проявлений жизни и приспособление ее к различным изменениям среды, по мнению Шталя, являются выражением мудрости (intelligens) и подвижности (movens) души. В своем трактате Истинная теория медицины (Theoria medica, 1737) он утверждал, что между жизненными процессами и фактами физики и химии имеется только поверхностное сходство и что ни одна органическая функция не осуществляется автоматически все происходящее в организме контролируется чувствующей душой.
Идеи Шталя были изложены в многочисленных трудах Основания зимотехники, или общая теория брожения (Zimotechnica fundamentalis seu Fermentationis theoria generalis, 1697), Бехеров пример (дополнение к Подземной физике Бехера) (Specimen Becherianum, 1723), Основания догматической и экспериментальной химии (Fundamenta Chymiae dogmaticae et experimentalis, 1723). Шталю принадлежат также работы по горному делу, металлургии, пробирному искусству.
Умер Шталь в Берлине 14 мая 1734.
Мусабеков Ю.С., Черняк А.Л. Выдающиеся химики мира. М., 1971
Биографии великих химиков. Ред. К.Хайниг М., 1981