В 1958 за рубежом была опубликована повесть Даниэля Говорит Москва, затем еще несколько прозаических произведений (в т.ч. рассказы Руки, 1959, о нелепой и трагической судьбе чекиста 1920-х годов; Человек из МИНАПа, 1960), в связи с чем в сентбре 1965 Даниэль, как и (по той же причине) его друг А.Синявский, были арестованы, уничтожен был уже отпечатанный тираж книги Бегство (сокращенный вариант опубл. в журнале «Пионер», 1989, № 68). В 1966 Даниэль был приговорен к 5 годам лагерей строгого режима. В заключении написал цикл стихов и поэму А в это время..., сделал переводы с латышского языка произведений своего товарища по заключению, поэта К.Скуениекса. После освобождения под псевд. «Ю.Петров» публиковал переводы шотландской и грузинской поэзии, а также произведений Дж.Г.Байрона, У.Вордсворта, В.Гюго, Ш.Бодлера, А.Рембо и др.
Рассказы Даниэля, тяготеющие к модернистской манере Ф.Кафки (скупая, кинематографически кадрированная манера «протокольного» повествования), поражают необычностью ситуации в сочетании с логичностью поведения персонажа (тема естественного человека в абсурдном мире). Заметной вехой в истории жанра антиутопии стала повесть Говорит Москва (опубликована под псевдонимом «Николай Аржак», взятым из тюремного фольклора), в которой говорится о фантастическом Указе Верховного Совета СССР, провозглашающем «День открытых убийств». Люди воспринимают указ как должное и в очередях за продуктами прикидывают, кого бы успеть сделать своей жертвой за этот один-единственный день, к которому, кстати, и присяжные художники успевают изготовить соответствующие пропагандистские плакаты.
Та же привычная будничность ужасного в повести Искупление (первая публикация 1963), где герой, обвиненный в доносительстве, которого он не совершал, сходит с ума, словно искупая этим принятую на себя вину всего общества взаимного подозрения, жестокости и лжи. Социально-политическую позицию Даниэля раскрывают и его концептуальные публицистические статьи Письмо другу (1969) и Ответ И.Р.Шафаревичу (1975). Ряд произведений Даниэля переведен на иностранные языки, некоторые его стихи легли в основу т.н. «авторских» песен.
Умер Даниэль в Москве 30 декабря 1988.
Филиппов Б. Природа и тюрьма. Грани, 1966
Белая книга: Сборник документов по делу Синявского и Даниэля (сост. А.Гинзбург). Франкфурт-на-Майне, 1967
Даниэль Ю. Искупление. Юность, 1988, № 1
Даниэль Ю. «...А нужно ли было чураться?»: Стихи. Дружба народов, 1988, № 9
Даниэль Ю. А в это время: Поэма. Век, 1989, № 3
Даниэль Ю. Говорит Москва: Проза, поэзия, переводы. М., 1991
Уварова-Даниэль И. ...Вот вы и дома. Литературная Армения, 1991, № 2
Даниэль Ю. Письма домой. М., 1997