Первые работы Фаулера посвящены экспериментальному изучению ядерных реакций с участием легких ядер (лития, бериллия, бора, азота, фтора). В последующие годы (19471954) он исследовал реакции, которые протекают в недрах звезд и приводят к синтезу гелия из водорода (протон-протонный цикл). Результаты этих весьма сложных и трудоемких измерений, а также уточнение содержания тяжелых элементов в звездном веществе позволили построить количественную модель генерации энергии в недрах Солнца. В 19551957 Фаулер в сотрудничестве с английскими астрофизиками Дж. и Э.М.Бёрбеджами и Ф.Хойлом («четверка B2FH») занимался созданием теории синтеза тяжелых элементов. Было показано, что синтез может происходить в результате захвата свободных нейтронов двумя путями: в ходе так называемых s- и r-процессов. В 1960 Фаулер предложил механизм взрыва сверхновых. Эти грандиозные процессы обогащают межзведную среду тяжелыми элементами, которые затем входят в состав новых звезд и планет. В 1962 Фаулер (совместно с Дж.Гринстейном и Ф.Хойлом) выполнил подробные расчеты, позволившие понять механизм образования легких элементов (лития, бериллия, бора, тяжелого изотопа водорода дейтерия) на ранних этапах эволюции Солнечной системы. В 1967 проанализировал способы образования этих элементов на ранних стадиях расширения однородной и изотропной Вселенной. Ряд публикаций Фаулера посвящены изучению релятивистских эффектов в квазарах и нейтронных звездах.
Работы Фаулера по происхождению химических элементов и термоядерным источникам звездной энергии, составляющие основу современной ядерной астрофизики, отмечены многочисленными премиями. В 1965 ученый был награжден медалью Барнарда Колумбийского университета, в 1977 медалью Эддингтона Лондонского королевского общества, в 1979 медалью Брюса Тихоокеанского астрономического общества, в 1970 получил премию Боннера Американского физического общества, в 1976 был избран президентом Американского физического общества.
Умер Фаулер в Пасадене (шт. Калифорния) 14 марта 1995.
Фаулер У., Хойл Ф. Нейтринные процессы и образование пар в массивных звездах и сверхновых. М., 1967
Надежин Д.К. У.Фаулер лауреат Нобелевской премии 1983 года. Природа, 1984, № 1
Фаулер У. Экспериментальная и теоретическая ядерная астрофизика (Нобелевская лекция). Знание сила, 1985, № 5