В Осаке Юкава нашел решение проблемы стабильности атомного ядра: какие силы удерживают в ядре одноименно заряженные протоны? В 1935 он предположил, что за это ответственна обменная частица с массой, примерно в 200 раз превышающей массу электрона. Статья Юкавы появилась в японском журнале и более двух лет оставалась незамеченной. В 1937 американский физик К.Андерсон экспериментально обнаружил в космических лучах мезон. Эту частицу сопоставили с гипотетической частицей Юкавы, но свойства мезона оказались существенно иными. В 1942 Юкава (в это время он уже вновь работал в Киотском университете) и его сотрудники предположили, что должны существовать два типа мезонов и что в космических лучах был обнаружен более легкий из них. Однако Вторая мировая война прервала связи между японскими и западными физиками и остановила «мирные» физические исследования. Лишь в 1947 С.Пауэлл обнаружил «частицу Юкавы» с помощью ионизационной камеры, поднятой на большую высоту ионосферным зондом. Ее назвали пи-мезоном, или пионом, а «частицу Андерсона» мю-мезоном, или мюоном. В 1949 Юкава был удостоен Нобелевской премии «за предсказание существования мезонов на основе теоретических исследований ядерных сил».
В конце 1940-х Юкава работал в Институте фундаментальных исследований Принстонского университета. Затем провел три года в Колумбийском университете, а в 1953 вернулся в Киотский университет, где занял пост директора Научно-исследовательского института фундаментальной физики.
Начиная с 1954, после термоядерных испытаний США, Юкава последовательно выступал против ядерного оружия «как ученый, как японец и как представитель всего человечества». В частности, он подписал знаменитое «Обращение Б.Рассела и А.Эйнштейна», призывавшее правительства решать конфликты мирным путем.
Кроме Нобелевской премии, Юкава был удостоен Императорской премии Академии наук Японии (1940), награжден Золотой медалью Ломоносова Академии наук СССР (1964), орденом «За заслуги» правительства ФРГ (1967) и японским орденом Восходящего Солнца (1977). Был членом многих научных академий и обществ, включая Национальную академию наук США, Японское физическое общество, Лондонское королевское общество и Академию наук СССР (с 1966).
Умер Юкава в Киото 8 сентября 1981.
Юкава Х. Лекции по физике. М., 1981
Лауреаты Нобелевской премии. Энциклопедия. М., 1992