В 19501952 занимал пост министра обороны, потеснил повстанцев, объявивших себя Народно-освободительной армией.
В ноябре 1953 победил на президентских выборах как кандидат от Национальной партии. Подписал мирный договор и договор о репарациях с Японией, провел земельную реформу, способствовал принятию государственной программы здравоохранения. В 1954 Филиппины стали членом СЕАТО. В 1955 парламент предоставил Магсайсаю полномочия на распределение земель латифундистов среди мелких крестьянских хозяйств. В том же году Национальная партия выдвинула список кандидатов, способных вытеснить из парламента наиболее сильных соперников. Эта тактика принесла успех на ноябрьских выборах, однако не сломила оппозиции реформам Магсайсая. Магсайсай погиб в авиакатастрофе близ Себу 17 марта 1957.
См. также ФИЛИППИНЫ.