Шрёдер занимал центристские позиции, с симпатией относился к предпринимательским кругам, входил в наблюдательный совет компании «Вольсксваген». В апреле 1998 СДПГ назвала Шрёдера кандидатом на пост федерального канцлера. В предвыборной программе он обещал создать новые рабочие места (однако к 2005 число безработных превысило пять миллионов), более интенсивно работать с представителями бизнеса в целях развития экономики страны, произвести изменения в системе социального обеспечения, рассмотреть возможность снижения налогов. На парламентских выборах 27 сентября 1998 СДПГ получила 40,9% голосов, обеспечив себе большинство мест в бундестаге. Спустя месяц партия вступила в коалицию с зелеными, которые добавили 6,7% голосов, и Шрёдер официально занял пост канцлера. Вместе две партии занимали 345 из 669 мест в новом парламенте. Новое правительство было сформировано главным образом из политиков, придерживавшихся левых взглядов.
Во время пребывания Шредера у власти Германия впервые за период после Второй мировой войны стала выступать на мировой арене с позиций силы, немецкие военные участвовали в операциях на Балканах и в Афганистане. Однако Шредер не согласился с американскими планами вторжения в Ирак.
В 2003 выступил с планом реформ «Повестка дня 2010», который включал значительное сокращение программ социальной политики государства и вызвал недовольство у однопартийцев канцлера. В 2005 СДПГ проиграла досрочные парламентские выборы. От работы в новом правительстве канцлера Ангелы Меркель Шредер отказался. В конце 2005 года стал председателем наблюдательного совета «Северо-европейской газопроводной компании», а в 2006 возглавил комитет ее акционеров.