В 1960 защитил кандидатскую, а в 1967 докторскую диссертацию. Обе посвящены историографии внешнеполитических доктрин США. В 1969 Яковлеву было присвоено звание профессора.
В ноябре 1972 опубликовал в «Литературной газете» статью Против антиисторизма, содержавшую критику шовинизма, местного национализма и антисемитизма. В 1973, после обсуждения вопроса на Секретариате и в Политбюро ЦК, Яковлев был отстранен от работы в партийном аппарате и направлен послом в Канаду, где пробыл 10 лет.
В 1983 секретарь ЦК КПСС М.С.Горбачев посетил Канаду, возобновил знакомство с Яковлевым, а затем настоял на его возвращении в Москву. С 1983 по 1985 Яковлев работал директором Института мировой экономики и международных отношений АН СССР. В 1984 был избран депутатом Верховного Совета СССР. Летом 1985 стал заведующим отделом пропаганды ЦК КПСС. В 1986 стал членом ЦК КПСС, секретарем ЦК, курирующим вопросы идеологии, информации и культуры, на июньском (1987 года) пленуме членом Политбюро.
На II съезде народных депутатов СССР в декабре 1989 Яковлев сделал доклад о последствиях подписания в 1939 Договора о ненападении между СССР и Германией «пакта Молотова Риббентропа» и секретных протоколов к нему. С марта 1990 по январь 1991 Яковлев был членом Президентского совета СССР. На следующий день после назначения на этот пост подал заявление о выходе из состава Политбюро и сложил с себя обязанности секретаря ЦК.
С 1984 член-корреспондент, с 1990 действительный член Академии наук СССР.
После роспуска Президентского совета был назначен советником по особым поручениям Президента СССР. Подал в отставку с этого поста 29 июля 1991. 18 апреля 1991 направил письмо Горбачеву, в котором предупреждал о возможности государственного переворота. 15 августа 1991 Центральная Контрольная комиссия КПСС рекомендовала исключить Яковлева из рядов КПСС за выступления и действия, направленные на раскол КПСС. 16 августа Яковлев заявил о своем выходе из рядов коммунистической партии.
В конце сентября 1991 был назначен членом Политического консультативного совета при Президенте СССР. В конце декабря присутствовал на встрече Горбачева с Ельциным, когда власть формально была передана от президента СССР президенту России. После ликвидации СССР с января 1992 занимал пост вице-президента Фонда социально-экономических и политологических исследований («Горбачев-фонда»).
В конце 1992 Яковлев был назначен председателем Комиссии при Президенте Российской Федерации по реабилитации жертв политических репрессий. За время работы Комиссии Политбюро ЦК и Комиссии при Президенте России было реабилитировано более четырех миллионов граждан жертв ленинских и сталинских репрессий. Одновременно в течение 19931995 Яковлев возглавлял Федеральную службу по телевидению и радиовещанию и Государственную телерадиокомпанию «Останкино».
За Яковлевым закрепились титулы «архитектора перестройки» и «отца гласности». С самого начала перестройки Яковлев оказался основной мишенью политических атак со стороны коммунистического фундаментализма, шовинистических и антисемитских группировок.
Яковлев был председателем Комиссии при Президенте РФ по реабилитации жертв политических репрессий, президентом Общественного совета газеты «Культура», почетным председателем Совета директоров Общественного Российского телевидения (ОРТ) и сопредседателем Конгресса интеллигенции России. Возглавлял Международный фонд «Демократия» (Фонд Александра Н.Яковлева).
Яковлевым опубликовано более 25 книг. После начала перестройки им были изданы такие книги, как Реализм земля перестройки, Муки прочтения бытия, Предисловие. Обвал. Послесловие, Горькая чаша, По мощам и елей, Постижение, Крестосев, мемуары Омут памяти, а также десятки статей. Под редакцией Яковлева выходит многотомное издание Россия. XX век. Документы.
Академик Российской академии наук, член Союза писателей Москвы, почетный доктор Даремского и Экзетерского университетов (Великобритания), университета Сока (Япония), был награжден почетной Серебряной медалью Пражского университета.
Умер 18 октября 2005 в Москве.
