Родился в Дёбельне (Саксония) 31 июля 1883 в семье инженера-железнодорожника. Посещал Высшую техническую школу в Дрездене (19041905), где занимался архитектурой. Как живописец и график был в значительной мере самоучкой. В 1905 стал одним из основателей группы «Мост». В 19091936 много путешествовал по Европе. Как и большинство других экспрессионистов, испытал большое влияние В. ван Гога и П.Гогена. С 1911 жил в основном в Берлине.
Работая крупными, контрастными цветами и угловатыми формами с эффектами динамичных внутренних надломов и сдвигов, писал пейзажи, жанры, обнаженную натуру (Дом в Дангасте, 1908, частное собрание, Лугано; Канал в Берлине, 1912, Музей Вальраф-Рихарц, Кёльн; Женщины у озера, 1913, Музей В.Лембрука, Дуйсбург). Плодотворно занимался гравюрой на дереве и скульптурой, проявляя глубокий интерес к традиционному африканскому искусству. В картине Двое мужчин у стола (1912, Музей Вальраф-Рихарц, Кёльн) создал самобытную иллюстрацию к ключевому эпизоду романа Ф.М.Достоевского Идиот (разговор князя Мышкина с Рогожиным в доме последнего). Потрясения Первой мировой войны в 19141916 Хеккель, уйдя добровольцем на фронт, служил в санитарном поезде во Фландрии отразились, в частности, в Автопортрете 1919 (Новая национальная галерея, Берлин). В 1920-е годы в его искусстве возобладали более гармоничные, лирико-созерцательные настроения (цикл символических фресок Становление человека, 1922, Музей Ангер, Эрфурт).
В начале 1930-е приблизился к стилю «новой вещественности» (Neue Sachlichkeit). Причисленный нацистами к представителям «дегенеративного искусства», «искусства вырождения», ушел во внутреннюю эмиграцию, уединившись в своей берлинской мастерской. После того как последняя была разрушена бомбами авиации союзников (1944), переехал в Хемменхофен на Боденском озере. С окончанием войны, равнодушный к новейшим течениям, Хеккель варьировал свои излюбленные мотивы, в том числе аллегорическую тему клоуна (Клоун перед зеркалом, 1946, Музей Фолькванг, Эссен).
С 1911 возглавлял бывшую берлинскую мастерскую О.Мюллера; среди тех, кто пользовался его советами, был будущий кинорежиссер А.П.Довженко. В 19491956 преподавал в Академии искусств в Карлсруэ.
Умер Хеккель в Радольфцелле (близ Хемменхофена) 27 января 1970.