Отчаявшись найти американского издателя для своих рисунков, Одюбон последовал совету Шарля Люсьена Бонапарта, племянника Наполеона I и известного натуралиста, найти подписчиков в Европе. В конце концов Одюбону удалось изготовить медные клише, и отпечатать рисунки, которые он затем раскрасил. В поисках издателя и подписчиков Одюбон в 1826 отправился в Ливерпуль, во время путешествия делал зарисовки морских птиц. В 1827 был опубликован первый из четырех томов труда Птицы Америки (Birds of America). Одюбон был избран членом Лондонского королевского общества и Линнеевского общества, Ж.Кювье назвал его рисунки памятником орнитологии. В 1831 вышел в свет первый из пяти томов Орнитологической биографии (Ornithological Biography). В 1838 издание Птиц Америки было завершено, последний том разослан подписчикам. В 1839 в Эдинбурге вышел заключительный том Орнитологической биографии.
Следующим проектом Одюбона стало издание тома Живородящие четвероногие Северной Америки (Viviparous Quadrupeds of North America). Для сбора материала ученый отправился в плавание вверх по Миссури, надеясь достичь Тихоокеанского побережья, но сумел добраться лишь до поселений племени мандан в Северной Дакоте.
Умер Одюбон в Нью-Йорке 27 января 1851.