Абдо принял участие в поднятом Ораби восстании 1881 года против «беззакония турецкого правительства, разорившего страну», против англо-французского вмешательства во внутренние дела страны и за провозглашение Египта независимой республикой. В 1883 за участие в восстании Абдо был выслан из Египта. Находясь в Париже, он вместе с ал-Афгани создал тайное общество «Наикрепчайшая связь», выпускал газету с тем же названием. В 1888 возвратился в Каир и вскоре стал главой административного совета «ал-Азхара». Ввел в программу преподавание светских дисциплин (математики, истории, географии). В 18891904 занимал пост главного муфтия Египта. Вся общественная деятельность Абдо в этот период была направлена на обновление ислама, реформирование мусульманского законодательства и судопроизводства. Абдо издал фетву (решение муфтия), позволяющую делать вклады в банки и получать с них процент, что ранее, согласно шариату, было запрещено как ростовщичество. Выступая за независимость Египта от Османской империи и от Запада, Абдо как политик-прагматик придерживался и идей национализма («Египет для египтян»), и идей панисламизма, воссоздания Халифата во главе с османским султаном. Сотрудничал с англичанами, за что его называли «самым большим среди египтян англофилом». Призывал учиться у Запада, овладевать новыми достижениями науки, права, государственной организации. «Мусульмане не могут жить в изоляции, они должны быть вооружены тем, чем вооружены другие», писал Абдо. «Мы обязаны изучать практику других религий и государств для того, чтобы раскрыть секрет их прогресса. Наш первейший долг состоит в том, чтобы распространять научные достижения в нашей стране».
Критикуя закосневший, не способный к реформам современный ему ислам, Абдо в то же время прославлял ислам как высшее достижение духа. Модернизация ислама, считал Абдо, возможна только при признании незыблемости Корана как «священной опоры» мусульманского общества. В то же время Абдо боролся с приверженцами «таклида», традиционалистами, которые отвергали право свободного, рационалистического толкования догм, выступал против слепой веры в схоластическое учение, созданное поздними теологами. Стремление дать рационалистическую интерпретацию Корана выразилось в написании пятитомного, к сожалению, не законченного труда Комментарии к Корану, считающегося наиболее авторитетным современным «тафсиром» (комментарием), и трактата Послание о единобожии. Абдо считал необходимым освободить людей от засилья предрассудков, открыть им истинное знание вещей. Отвергая понимание религиозной веры как только внутреннего состояния, Абдо подчеркивал ее необходимую связь с практическими действиями. «Гордость за великое прошлое должна перерасти в строительство своего настоящего и будущего». По убеждению Абдо, условиями создания независимого Египта должны были стать постепенное преобразование общества, просвещение народа, реформы в направлении парламентской демократии и обновление религии.
Умер Абдо в Александрии 11 декабря 1905.
Степанянц М.Т. О религиозных взглядах Мухаммада Абдо. В кн.: Религия и общественная мысль стран Востока. М., 1974
Кириллина С.А. Ислам в общественной жизни Египта. М., 1989