Свергнут в результате государственного переворота 2425 ноября (56 декабря) 1741. Новая императрица Елизавета Петровна первоначально повелела выслать его вместе с семьей за границу и 12 (23) декабря они покинули Петербург, однако вскоре, переменила свое решение, она приказала задержать их в Риге. 13 (24) декабря 1742 Брауншвейгскую фамилию перевезли в предместье Риги Динамюнде (совр. Даугавгрив), а в январе 1744 в Ораниенбург в Рязанской губернии (совр. Чаплыгин). В июне 1744 было решено отправить их в Соловецкий монастырь, но они доехали только до Холмогор: сопровождавший их камергер Н.А.Корф, ссылаясь на трудности пути и невозможность сохранить в тайне их пребывание на Соловках, убедил правительство оставить их там. Четырехлетний мальчик был изолирован от родителей и отдан под надзор майора Миллера. В 1746 он лишился матери, умершей при родах.
Распространившиеся слухи о пребывании Ивана в Холмогорах заставили правительство в 1756 тайно перевезти его в Шлиссельбургскую крепость, где его заключили в одиночную камеру и содержали в полной изоляции; доступ к нему был разрешен только трем офицерам; даже комендант крепости не знал имени своего узника. В 1759 у него обнаружились признаки нарушения психики, однако тюремщики сочли их симуляцией.
С воцарением в декабре 1761 Петра III положение Ивана Антоновича не улучшилось; более того, было дано указание убить его при попытке освобождения. В марте 1762 новый император нанес узнику визит, оставшийся, однако, без последствий. После восшествия на престол Екатерины II возник проект ее брака с Иваном Антоновичем, который позволил бы ей легитимизировать свою власть. Вероятно, в августе 1762 она посетила узника и сочла его сумасшедшим. После раскрытия осенью 1762 гвардейского заговора с целью низложения Екатерины II режим содержания Ивана ужесточился; императрица подтвердила прежнюю инструкцию Петра III.
В ночь с 4 (15) на 5 (16) июля 1764 подпоручик В.Я.Мирович, несший караульную службу в Шлиссельбургской крепости, привлек на свою сторону часть гарнизона, арестовал коменданта и, угрожая применить артиллерию, потребовал выдачи заключенного. После недолгого сопротивления охрана капитулировала, предварительно умертвив Ивана. Ввиду бессмысленности дальнейших действий В.Я.Мирович сдался властям и был казнен. Тело бывшего императора похоронено в Шлиссельбургской крепости.
Иван Кривушин
ИВАН VI с матерью Анной Леопольдовной
Каменский А.Б. Император Иван Антонович. М., 1998
Пчелов Е.В. Романовы. История династии. М., 2001