В 1948 Кальдерон выдвинул свою кандидатуру на второй президентский срок, но потерпел поражение. Обвинив избирательную комиссию в подтасовках, потребовал от конгресса признать выборы недействительными. Результаты выборов были аннулированы, но 15 декабря 1948 хунта во главе с временным президентом Хосе Фигересом обвинила Кальдерона Гуардию в подготовке государственного переворота. В марте 1949 он был арестован, в 1951 бежал в Мексику. В 1955 с помощью никарагуанского диктатора Сомосы пытался организовать вторжение в Коста-Рику. На президентских выборах 1958 возглавляемая им Национально-республиканская партия получила значительное число голосов, и опальный экс-президент получил возможность вернуться на родину. В 1966 был назначен послом в Мексику. Умер Кальдерон Гуардия в Сан-Хосе 9 июня 1970.
Рыбалкин И. Гражданская война 1948 года в Коста-Рике. Новая и новейшая история, 1959, № 4
Гамбоа Ф. Коста-Рика. М., 1966
Романова З. Коста-Рика. М., 1968