После Февральской революции 1917 вел антивоенную пропаганду среди солдат 5-го Заамурского полка в Кишиневе. В декабре 1917 был избран членом Бессарабского Совета, членом губпарткома и губревкома. С января 1918 командир красногвардейского отряда, воевавшего против румынских войск. Весной и летом командовал Тираспольским сводным отрядом в боях против австро-германских войск. С июня 1918 комиссар бригады Воронежской дивизии, с сентября начальник политотдела Южного участка отрядов завесы, с октября член Реввоенсовета 8-й армии. С июля 1919 начальник 45-й стрелковой дивизии, в августе-сентябре командовал Южной группой войск 12-й армии при ее выходе их окружения из района Бирзула, Голта (ныне Первомайск) к Житомиру и Киеву. В 1919–1920 командовал 45-й стрелковой дивизией на Южном фронте, Фастовской, Золочевской, Львовской группами войск и 14-й армией на Юго-Западном фронте. В 1921–1923 командующий войсками Крымского района, Киевского военного округа и войсками Киевского района, с сентября 1923 командир и комиссар 14-го стрелкового корпуса, с декабря 1923 помощник командующего вооруженными силами Украины и Крыма. С апреля 1924 начальник Главного управления военно-учебных заведений РККА, с ноября 1925 командующий войсками Украинского (позже Киевского) военного округа.
В 1930–1934 член Реввоенсовета СССР, с 1936 член Военного совета наркомата обороны СССР. С 1930 кандидат в члены ЦК, с 1934 член ЦК ВКП(б). 10 мая 1937 был переведен на должность командующего Ленинградским военным округом. На февральско-мартовском (1937 г.) пленуме ЦК ВКП(б) при обсуждении вопроса о Н.И.Бухарине и А.И.Рыкове выступил за их исключение из партии, «предание суду и расстрел».
28 мая 1937 был арестован по обвинению в участии в так называемом военно-фашистском заговоре в РККА. В состав «центра заговора» помимо Якира вошли его «глава» М.Н.Тухачевский, командарм I ранга И.П.Уборевич, комкоры А.И.Корк, Р.П.Эйдеман, Б.М.Фельдман, В.М.Примаков и В.К.Путна, а также покончивший жизнь самоубийством 30 мая 1937 начальник политуправления РККА армейский комиссар I ранга Я.Б.Гамарник.
С 1 по 4 июня 1937 состоялось расширенное заседание военного совета при наркомате обороны с участием членов политбюро ЦК ВКП(б). Перед началом заседания Военного совета все его участники были ознакомлены под расписку с полученными при помощи физического воздействия «признательными показаниями» Тухачевского, Якира, Уборевича и других. Эти же сфальсифицированные показания широко цитировались К.Е.Ворошиловым в докладе, который он начал с утверждения, что «органами Наркомвнудела раскрыта в армии долго существовавшая и безнаказанно орудовавшая, строго законспирированная, контрреволюционная фашистская организация, возглавлявшаяся людьми, которые стояли во главе армии». На заседании Военного совета выступил Сталин. Сославшись на показания арестованных, он сделал вывод о том, что в стране был «военно-политический заговор против советской власти, стимулировавшийся и финансировавшихся германскими фашистами».
Следствие велось поспешно и было закончено уже 9 июня 1937, когда Генеральный прокурор СССР А.Я.Вышинский формально допросил обвиняемых. В тот же день, после приема у Сталина он подписал обвинительное заключение. 11 июня перед началом судебного процесса на приеме у Сталина были нарком внутренних дел СССР Н.И.Ежов и председатель военной коллегии Верховного суда СССР суда В.В.Ульрих.
Накануне суда следователям было поручено любыми способами убедить подследственных, чтобы они подтвердили на суде показания, данные ими на следствии, и заверить, что это облегчит их участь. Указания эти были выполнены. Следователи, фабриковавшие обвинение, сопровождали своих обвиняемых на суд, находились с ними в комнатах ожидания и в зале судебного заседания.
В процессе обработки обвиняемым разрешили обратиться с покаянными заявлениями на имя Сталина, который якобы помилует их. На одном из таких заявлений, написанном Якиром 9 июня 1937, Сталин написал: «подлец и проститутка». Ворошилов и В.М.Молотов присоединились к этому, причем Ворошилов написал: «совершенно точное определение», а Л.М.Каганович приписал: «Мерзавцу, сволочи и б... одна кара – смертная казнь».
8 июня 1937 «Правда» сообщила, что в редакцию поступило письмо от бывшей жены Якира, в которой она отрекалась и проклинала мужа.
11 июня 1937 Специальное судебное присутствие Верховного суда СССР в составе В.В.Ульриха, маршалов Советского Союза В.К.Блюхера и С.М.Буденного, командармов Я.И.Алксниса, Б.М.Шапошникова, И.П.Белова, П.Е.Дыбенко и Н.Д.Каширина рассмотрело дело о «военно-фашистском заговоре» и приговорило его участников к расстрелу. Приговор был приведен в исполнение на следующий день.
Судебный процесс по делу Тухачевского, Якира и других был использован сталинским руководством для дальнейшего усиления репрессий в армии и на флоте.
В 1957 Якир был реабилитирован.
ЧЛЕНЫ РЕВВОЕНСОВЕТА СССР. Первый ряд (слева направо): И.Э.Якир, А.И.Егоров, С.С.Каменев, К.Е.Ворошилов, С.М.Буденный, М.К.Левандовский; второй ряд (стоят): К.А.Авксентьевский, Б.М.Шапошников, И.П.Белов, И.П.Уборевич. Декабрь 1927. Дело о так называемой «антисоветской троцкистской военной организации» в Красной Армии. – Известия ЦК КПСС, 1989, № 4
