Родился в Вятке (ныне Киров) 29 октября (11 ноября) 1901 в семье губернского архитектора И.А.Чарушина. Учился в ленинградском Вхутемасе (Высшие художественно-технические мастерские, 19221927), в частности у А.А.Рылова. Жил в Ленинграде.
Сотрудничал в журналах «Мурзилка» (с 1924), «Еж» (19281935), «Чиж» (19301941). В 1928 получил и свой первый книжный заказ на оформление рассказа В.В.Бианки Мурзук (для ленинградского отделения Госиздата, где художественной частью заведовал В.В.Лебедев, оказавший большое влияние на молодого Чарушина). С тех пор исполнил массу иллюстраций к текстам того же Бианки, а также М.М.Пришвина, С.Я.Маршака и других писателей. Часто оформлял и собственные сочинения (Разные звери, 1929; Волчишко и другие, 1931; Никитка и его друзья», 1938; Медвежата, 1944; и др.). В 1930-е годы стал одним из лучших художников детской книги, дизайн которой в то время уже окончательно сложился в особое направление в русском искусстве. Работая в технике свободного акварельного рисунка, монохромного или цветного, легким динамичным пятном, Чарушин воссоздавал в пространстве книги (в том числе и на полях) не просто кусочки натуры, но целостную пейзажную среду, средоточиями которой представали разнообразные живые твари. По-своему самобытны, лексически просты и изящны его очерки в жанре рассказов о животных и популярного краеведения.
Переводил свою анималистику также в настенную живопись (во время эвакуации расписал столовую и детский сад завода № 266 и ряд других интерьеров в Кирове, 19421944), но еще чаще в русло декоративного эстампа (в технике литографии) и фарфоровой малой пластики.
Умер Чарушин в Ленинграде 18 февраля 1965.
Мир Чарушина. Е.И.Чарушин художник и писатель. Л., 1980