Родился в селе Лыкошино (Тверская губерния) 14 (26) февраля (по другим данным 21 сентября (3 октября) 1878 в семье паровозного машиниста. Детство провел на станции Чудово (Новгородская губерния). Учился в Петербурге в Рисовальной школе Общества поощрения художеств (18961897) и школе княгини М.К.Тенишевой (18971900) у И.Е.Репина. Был членом объединения «Мир искусства» (с 1912). Жил в Москве и Петербурге.
Сотрудничал в «Сатириконе» и «Новом Сатириконе» (с 1908). Сам был издателем сатирического журнала «Маски» (1906), исполнил ряд антимонархических карикатур для журнала «Зритель» и «Календаря русской революции» В.Л.Бурцева (19051907). Но сатира отнюдь не стала главным руслом его творчества Чехонин получил известность прежде всего как уникальный, возможно, лучший в России того времени мастер орнамента. Разработал (в технике рисунка тушью, часто силуэтного) свой неповторимо-элегантный «чехонинский» стиль, воспроизводящий и как бы поэтически пародирующий в духе модернистского историзма характерные мотивы русского ампира. Работал для издательств «Просвещение», «Шиповник», «Брокгауз и Ефрон», «Пантеон» и т.д., скрупулезно выстраивая весь книжный дизайн от обложек и иллюстраций до издательских марок. Увлекшись также и художественной керамикой, сотрудничал с мастерскими: С.И.Мамонтова в Абрамцево (19021907), «Голдвейн и Ваулин» в Кикерино под Петербургом и княгини М.К.Тенишевой в Талашкино (19071914). Участвовал в создании майоликового декора московской гостиницы «Метрополь» (19021909), украсил изразцами, майоликой или росписями церковь Феодоровской Божьей Матери (19111915), Юсуповский дворец на Мойке (19131915) и другие здания Петербурга. В качестве консультанта отдела кустарной промышленности Министерства земледелия руководил мастерскими финифти в Ростове и Торжке, мебели в Кологриве, золотошвейной мастерской в Торжке (19131915).
После революции вошел в состав коллегии отдела ИЗО (Коллегия по делам изобразительных искусств) Наркомпроса. Наряду с эскизами для массового агитпропа выполнил ряд особо ответственных заданий (проекты печати Совнаркома, банкнот и монет, наконец, герба РСФСР). В качестве художественного руководителя Государственного фарфорового завода (в 19181923 и 19251927) внес решающий вклад в создание эталонов «агитационного фарфора» (тарелки и блюда с революционными лозунгами и эмблемами, а также портретами партийных вождей). Явился основоположником «советского ампира» (по меткой формулировке А.М.Эфроса), тем самым предвосхитив торжество неоклассики 1930-х годов. Продолжал работать и как художник книги (Фауст и город А.В.Луначарского, 1918; Тараканище К.И.Чуковского, 1923; 10 дней, которые потрясли мир Дж.Рида, 1927; и др.).
Выехав в 1928 в командировку во Францию, остался в Париже. Активно выступал как станковист и дизайнер (ювелирные изделия, эмали, сценография), но большого успеха не добился, к тому же не оправдались его надежды на сотрудничество с Национальной фарфоровой мануфактурой в Севре. В 19331934 получил патенты на новый способ многоцветной печати на ткани (с одного цилиндра ротационной машины).
Умер Чехонин в Лёррахе (близ немецко-швейцарской границы) 23 февраля 1936.
С.В.Чехонин. 18781936 (каталог). СПб, 1994