Панофский родился 30 марта 1892 в Ганновере (Германия). В 1914 защитил диссертацию во Фрайбургском университете; с 1921 по 1933 преподавал в Гамбурге. В 1931, получив приглашение прочитать курс лекций в Нью-Йоркском университете, приехал в США. После прихода к власти нацистов в 1933 ученый остался в США, как и многие другие его соотечественники. Панофский преподавал в Нью-Йоркском университете, затем в Принстоне; в 1935 он стал профессором Института перспективных исследований. Оставив эту должность в 1962, получил профессорскую кафедру в Нью-Йоркском университете и занимал ее до самой смерти в 1968. Он был блестящим лектором и педагогом и имел множество учеников.
Среди ранних работ Панофского, написанных еще в Германии, эссе о гравюре Дюрера Меланхолия. Однако большинство книг и статей исследователя было написано по-английски, уже в США. В его первой работе, созданной в Америке, Исследования по иконологии (1939), рассматривается иконография таких сюжетов, как персонофикация времени и слепой Амур, неоплатонические идеи в искусстве Возрождения. В течение следующих двадцати пяти лет Панофский написал еще ряд статей по иконологии и книг. Среди них монография, созданная в соавторстве с первой женой, Ящик Пандоры (1956), статья Иконография Камеры ди Сан Паоло Корреджо (1961); из трудов по теории искусства Кодекс Гюйгенса и теория искусства у Леонардо да Винчи (1940), Галилей как художественный критик (1954), а также знаменитые исследования Альбрехт Дюрер (1943), Нидерландское искусство XV в. (1953) и Ренессанс и ренессансы в западноевропейском искусстве (1960).
Панофский Э. Ренессанс и «ренессансы» в искусстве Запада. М., 1998
Панофский Э. Смысл и толкование изобразительного искусства. СПб, 1999
Панофский Э. Idea: к истории понятия в теориях искусства от античности до классицизма. СПб, 1999