Работая над диссертацией в Висконсинском университете, Шаллер организовал в 1959 экспедицию в Заир для изучения поведения горных горилл, находившихся под угрозой исчезновения. Более года Шаллер и его жена прожили среди этих животных, научились распознавать отдельных особей, наблюдали за изменениями их настроения и привычками. В 1962 по результатам исследований Шаллер защитил диссертацию и написал свою первую книгу Горная горилла (Mountain Gorilla, 1963), удостоенную в 1965 награды Общества защиты дикой природы. Экспедицию в Заир частично финансировало Нью-Йоркское зоологическое общество. В 1966 Шаллер был принят на работу в это общество, а в 1980 занял пост директора по охране дикой природы.
Впоследствии Шаллер предпринял экспедиции в Индию (19631965), Танзанию (19661969), Непал (1970), Пакистан (19721975), Бразилию (19761979). По результатам этих экспедиций написал несколько книг и ряд научных и популярных статей. Среди книг Шаллера Олень и тигр: изучение дикой природы в Индии (The Deer and the Tiger: A Study of Wildlife in India, 1967); Львы Серенгети (The Serengeti Lions, 1972); Серенгети царство хищников (Serengeti, A Kingdom of Predators, 1972); Золотые тени, летающие копыта (Golden Shadows, Flying Hooves, 1973); Цари гор: дикие овцы и козы в Гималаях (Mountain Monarchs: Wild Sheep and Goats of the Himalayas, 1977); Молчаливые камни (Stones of Silence, 1980). С 1981 по 1984 Шаллер изучал поведение панд в заповеднике Волонг (Китай). В 1985 наблюдал за жизнью диких животных на Тибете, в частности снежного барса и таких травоядных, как дикий осел, газель и олень.
В 1980 Шаллер был удостоен золотой медали Всемирного фонда охраны дикой природы.
Шаллер Б. Год под знаком гориллы. М., 1968